深圳港东部港区位于深圳市东部,大鹏湾北及西北岸。现有盐田、下洞、沙鱼涌和秤头角4个港区。此外,还包括大亚湾内大亚湾核电站专用码头。深圳港东部港区水域宽广,有良好的自然水深,不淤积,障得物少,但遮蔽条件较差,在偏南风季节,涌浪较大。
盐田港区位于大鹏湾西北岸,深圳市盐田区境内,西起沙头角保税区、东至正角咀,距香港维多利亚港68海里、澳门港93海里。港区地理位置优越,建设条件优良,是我国沿海深水良港之一。该港区于1989年12月由深圳东鹏实业有限公司负责开发,1992年11月正式对外开放。
下洞港区位于大鹏湾北岸中部,深圳市龙岗区境内,东邻沙鱼涌港区,西至光汇码头轴线以西50米,是石油产品和液化气作业的专用港区。
沙鱼涌港区位于大鹏湾北岸中部,深圳市龙岗区境内葵涌镇土洋村岸段,西部毗邻下洞港区,是深圳东部以散杂货作业为主的中级码头港区。主要经营秒、石等建筑材料装卸业务,货物主要出口香港等地。
秤头角港区位于大鹏湾东岸北部,深圳市龙岗区境内葵涌镇秤头角岸段,平洲岛东北方1.5海里处。随着该区域内新增的中石油应急调峰LNG项目、中海油迭福山LNG项目和深圳华安液化气改扩建LNG项目的建设与投产,未来几年将建成4座LNG接收站,预计每年超过900艘次LNG船舶进出该港区,吞吐能力可达2000万吨。
大亚湾核电站专用码头位于大亚湾的大鹏澳北侧,是核电站配套设施。
此外,在大鹏澳南部还建有游艇俱乐部码头,该码头由浪骑游艇俱乐部码头和七星湾游艇俱乐部码头组成,分别设有275个、395个游艇泊位。