深圳港西部港区处于珠江口内东部矾石水道东侧,水上交通十分便捷,通过珠江三角洲水网可沟通三角洲地区及港澳,与香港、澳门、广州的距离都在60海里以内,经西江联系我国西南地区,船舶经香港或珠江通海航道到达国内沿海及世界各地港口。现有蛇口、赤湾、东角头、妈湾、大铲湾福水及内河7个港区,它们位于珠江口伶仃洋的东岸。
蛇口港区位于蛇口南头半岛的南侧,在五湾客运码头东端至左炮台山下与赤湾港区分界处范围内。目前共有500吨级以上深水泊位50个(含非生产性),其中经营性万吨级以上深水泊位21个,集装箱专用泊位13个,最大靠泊能力散杂货为7.5万吨级、集装箱为10万吨级。码头岸线总长度8179.6米,设计吞吐能力3252.5万吨,是深圳市重要的水、陆客货运输枢组和设备齐全、综合性、多功能的对外开放口岸。
赤湾港区紧连着蛇口港区,位于蛇口港区的西侧,在南头半岛端部左、右炮台间的赤湾内。该港区由南山开发股份有限公司开发建设。目前共有泊位26个,其中万吨级以上深水泊位11个,泊位长1405,5米,设计吞吐能力2139.9万吨。
东角头港区位于蛇口港区东侧1.5海里,在深圳湾北部的蛇口山脚下,有油码头两个泊位,原货运码头已填海改为其他用途,东角头为对外开放港区。现有码头岸线389.5米,大小泊位5个。由于城市建设需要,部分泊位已经废除。油码头长度110米,水深3.5米左右,有3千吨级成品油泊位2个,其中1号成品油泊位可接卸液化石油气。
妈湾港区位于南头半岛西侧,南自赤湾9号泊位交界处,北至前海湾南岸西端。现有码头岸线总长4482米,生产性泊位16个,其中深水泊位12个,年综合通过能力2549万吨。
大铲湾港区位于珠江口,东接宝安区中心城区,北临深圳国际机场,计划四期建设。一期工程建成5个泊位。
福永港区位于公沙水道东侧,由福永客货码头、深圳国际机场油码头及一些小型乡镇码头组
成。主要功能是机场旅客水路集疏运和机场燃料油的供应,兼营集装箱和杂货。
内河主要有深圳河里的上步码头、新洲码头及宝安的西乡码头、松岗码头、东宝河建材码头等深圳河各码头由于深港西部大桥的影响,已基本停用。现有码头岸线654.7米,大小泊位11个。